成本核算首先是各科室直接成本的歸集，將各科室直接發(fā)生的成本直接計入到該科室；然后按照以下順序進行四級分攤： 
分攤方法 
第一級分攤（公攤費用分攤）： 
公攤費用是指在成本的歸集過程中，無法直接歸集計入到某個科室的費用，如清潔排污費、綠化費、保安費等。公攤費用根據(jù)實際業(yè)務屬性又區(qū)分為直接成本與間接成本兩部分，如某科室水電費屬于直接成本，綠化費屬于間接成本。公攤費用的分攤方法根據(jù)不同的成本項目確定不同的分攤方法，根據(jù)分攤參數(shù)不同。 
項目內容 
人力成本：退職生活費、社會保障費、合同工養(yǎng)老金、離退休人員成本、福利費； 
煤水電費； 
交通費：車輛燃料費、維修費、過路過橋費、保險費等； 
房屋和設備修購基金：房屋折舊、設備折舊； 
房屋修繕、零星工程； 
分攤方法 
人員成本：按人員數(shù)量比例分配到各核算中心。 
煤水電費：大用戶單獨計量，其余按照房屋面積或人員數(shù)量分攤到各核算中心。 
交通費：按各核算中心實際使用交通工具工作量進行分攤。 
房屋和設備修購基金：房屋折舊按科室面積分配到核算中心；設備折舊按照不同折舊年限和折舊方法將設備分類后，按照各科室擁有設備占全院同類設備比重分配。 
具體公式 
人員成本：按人員數(shù)量比例分攤到各科室 
人員成本 ＝ 科室在職人員數(shù)量× 全院應分攤的人員成本 / 全院在職人員數(shù)量 
煤水電費：煤水電成本 ＝科室面積×（全院煤水電成本－科室成本）/ （全院面積－科室面積） 
煤水電成本 ＝科室在職人員數(shù)量×（全院煤水電成本－科室成本）（全院在職人員數(shù)量－科室數(shù)量） 
交通費： 
交通工具成本 ＝各科室使用（公里數(shù)） × 全院消耗成本（金額）/全院使用（公里數(shù)） 
房屋和設備修購基金：房屋修購基金＝科室面積 × 全院房屋修購基金/全院面積 
設備修購基金 ＝科室擁有該類設備總額 × 全院該類設備修購基金/ 全院該類設備總額 
房屋修繕、零星工程：按科室面積分攤 
修繕零星工程成本 ＝ 科室面積 × 全院修繕及零星工程成本/全院面積 
第二級分攤（管理成本分攤）： 
將全院管理類科室成本包括直接計入管理科室成本和公攤費用分攤部分進行分攤。如院長辦公室、財務處等管理類科室 
分攤方法：按人員比例分攤 
相關科目成本 ＝科室在職人員數(shù)量×全院管理科室相關科目成本/（全院在職人員數(shù)量－管理科室人數(shù)） 
第三級分攤：（醫(yī)療輔助成本分攤） 
將此類科室成本（包括直接計入醫(yī)療輔助科室成本、公攤費用分攤部分、管理成本分攤部分之和）進行分攤，分攤科室范圍：掛號室、住院處、供應室等。 
醫(yī)輔服務職能科室、供應室、洗衣房分攤方法：使用醫(yī)院制定的內部服務價格對照參數(shù)(或內部服務量)，本著誰受益誰擔負的原則進行分攤（但不向管理類科室及同類別科室分攤）。 
相關科目成本 ＝受益科室接受服務內部價總量（科室受益總量）× 相關科目成本總量/接受服務內部價總量（全院服務總量）  
門診醫(yī)輔、住院醫(yī)輔分攤方法：按照臨床科室 床/工作日數(shù)量分攤。 
相關科目成本＝ 科室 床/工作日總量 × 相關科目成本總量/（全院床/工作日總量） 
沒有工作量的醫(yī)輔科室分攤按醫(yī)技科室、直接醫(yī)療科室的人數(shù)向下分攤。 
第四級分攤（醫(yī)技科室成本分攤）： 
將醫(yī)療技術類科室成本（包括直接計入醫(yī)療技術科室成本、公攤費用分攤部分、管理成本分攤部分、醫(yī)療輔助科室成本分攤部分之和）進行分攤。 
1.藥劑科成本分攤方法按照使用收入支出配比平衡原則 
2.醫(yī)療技術檢查科室、手術室分攤方法采用收入支出配比平衡原則 
相關科目成本＝各相關科室獲取醫(yī)技收入總量× 相關醫(yī)技科室相關科目成本總量/相關醫(yī)技科室總收入  
成本核算的難點 
醫(yī)院經濟管理薄弱，造成核算工作難度大 
在醫(yī)院管理工作中，往往會出現(xiàn)不能正確處理好經濟利益與社會效益兩者關系的情況，有只顧經濟效益而不講社會效益的情況，也有重社會效益而輕經濟利益的現(xiàn)象。投入不計成本，產出不計效益，這種狀況十分明顯。由此可見，醫(yī)院經濟管理技能和方法十分匱乏。而醫(yī)院統(tǒng)計、質量標準化、信息管理和財務管理工作又是開展醫(yī)院經濟管理工作的基礎，如果這些基礎性工作，如信息歸集的標準不統(tǒng)一，數(shù)據(jù)采集流程不完整，財務管理中缺乏責任會計的功能等，會增加成本核算工作的難度。 
現(xiàn)有醫(yī)療定價制度，造成醫(yī)療成本的不可比 
我國的衛(wèi)生事業(yè)是政府實行一定福利政策的社會公益事業(yè)，因此國家對醫(yī)療收費價格實行統(tǒng)一指導價?；跉v史原因，目前醫(yī)療收費價格制定不合理，特別是在基本醫(yī)療服務收費標準方面明顯低于成本，這不僅不利于調動廣大醫(yī)務人員的積極性，而且給醫(yī)院內部控制帶來了難度，使得收入與成本不易配比，臨床科室的直接成本和間接成本不配比，醫(yī)療成本在項目和病種方面不易測算和比較。 
醫(yī)療服務的壟斷與競爭性，造成了醫(yī)療成本不易控制 
醫(yī)療服務是一種特殊行業(yè)，由于供方—醫(yī)務人員的專業(yè)性和壟斷性很強，需方—病人的盲目性和被動性很強，以及醫(yī)療服務需求彈性小等特點，使得醫(yī)療服務的成本不易控制。按一般經濟規(guī)律，當供大于求時，價格下降，利潤減少，產量下降, 導致供等于求或者少于求，通過市場調節(jié)，由此產生價格上升，形成新的平衡。但在醫(yī)療活動中，服務量的主動權不在需方，而在供方，供方能夠誘導需求。況且，我國醫(yī)療服務定價采用按項目定價的方法，使供方能夠通過增加服務項目和擴大服務量來彌補項目收入的減少。由于醫(yī)療服務價格由政府控制，缺乏市場調整機制，使得供方可以通過盲目擴大服務項目或服務量造成成本超過收入的虧損局面。特別是在現(xiàn)有的市場經濟條件下，醫(yī)院為增強競爭力，努力提高技術水平，注重新設備的引進和使用，如果不能選擇適宜技術，不能很好的進行成本核算，那么醫(yī)院管理者的決策失誤不僅會導致醫(yī)療服務的虧損，更會造成醫(yī)療服務總成本的失控和社會衛(wèi)生資源利用的不合理。 
醫(yī)療服務的復雜性，造成成本核算方法的多樣性 
醫(yī)院是一個復雜的系統(tǒng)，由許多不同科室和各種相關的保障部門組成，每個學科或保障部門因專業(yè)不同而使其成本內容和表現(xiàn)方式不同。即使在同一學科，也因對同一疾病的診斷、治療方式不同，使醫(yī)療服務的成本構成有所不同，因此醫(yī)療服務成本表現(xiàn)為異常的多樣性。正是由于這種成本的多層性和多樣性，造成的醫(yī)院成本分攤的復雜和繁瑣，使得醫(yī)院科室成本核算的方法出現(xiàn)多樣性。 
醫(yī)療服務的不確定性，造成了醫(yī)療成本的多變性 
醫(yī)療服務不同于其他行業(yè)的生產，它具有很多的不確定性。每一項醫(yī)療技術和服務的提供，都會因病人需方對醫(yī)療服務的需求時間、選擇方式、適應程度、經濟承受能力的不同，而使醫(yī)療服務的成本有所不同。就同一種疾病對不同病人來說，因其診治方式、病情程度不同也可使醫(yī)療成本發(fā)生變化。隨著高新技術的投入，它所伴有的高投入、高效益、高風險特性使其成本變化較大、幅度較大。一項新技術的應用可以改變其成本結構，可使效率提高、成本降低，也可能因投入過高使成本增加，這種醫(yī)療成本的不確定性，使醫(yī)院服務成本的測算、分攤和評價更具有復雜性。